眼线笔戳进眼里首先要用干净的棉签之类的检查眼睛，不要有东西留在眼睛里，如果感觉眼睛很不舒服，要去医院看一下，以免引起感染。
在使用眼线笔时，稍不留神就容易使化妆品颗粒落入眼睛，使得眼睛出现发红、流泪，甚至红肿疼痛的情况。如果长期卸妆不彻底，眼线残留，还可能诱发过敏性结膜炎。
眼线笔的主要成分是氧化钛 、液体石蜡滑石粉、半油酸酯、月桂酸锌、防腐剂 、着色颜料、香料等等。经常画眼线对眼睛是有一定伤害的，就更经常化妆会伤害皮肤是一个道理，长期的用眼线笔除了会对眼睛周围的皮肤造成一定的影响，使用不当时，对眼睛也有伤害。
一直新的睫毛笔使用前其污染率还不到1%，随着使用时间的增加，睫毛笔上的细菌会成倍上升。 眼线笔与睫毛膏同是眼部化妆品，其使用过程中同样容易被细菌感染，所以使用眼线笔会有引起眼部感染疾病的风险。